质谱仪器所所包括:大气气溶胶污染和环境质谱仪器两大个研究实验室。
    在建设中的平台有：大气环境安全超级监测站，广东省气溶胶来源解析工程中心；
    在开展前瞻性和原创性基础研究的同时，通过“产学研用”合作，为国民经济建设和社会发展服务。
    其中质谱仪器研发实验室入选2013年国家人才推进计划-重点领域创新实验室、获批组建广东省大气污染在线源解析系统工程技术研究中心。
该实验室始终致力于质谱技术及整机开发，通过多年研究，不仅形成了一支国内最专业的质谱研发型实验室，并且积累了丰富的质谱开发经验，特别是掌握高分辨飞行时间质谱核心技术，具备正向开发能力。
    本实验室所开发的在线单颗粒质谱仪SPAMS，可实现PM2.5实时在线源解析，其性能指标达到国际先进水平，具有完全自主知识产权，是目前国内自主研发的最高端的质谱仪器之一，仪器入选国家“十一五”重大科学成就展。实验室针对大气研究和监测所有开发的另一种仪器为在线挥发性有机物质谱仪SPIMS，可实现VOCs实时在线监测及其源解析，仪器为国际首创，具有完全自主知识产权，仪器获得行业BCEIA金奖，已经多个环境监测站和化工园区实现推广应用。